Die Wirkung der Neuraltherapie kann man sich recht gut erklären, wenn man von der Vorstellung ausgeht, dass in einem gesunden Organismus Energieströme ungehindert fließen können. Wird dieser Fluss durch sogenannte „Störfelder“ oder „Herde“ unterbrochen, kann das Beschwerden oder Krankheiten auslösen. Störfelder oder Herde können z.B. Narben, Verwachsungen, schlecht heilende Wunden oder eitrige Prozesse (besonders im Nasen-Rachenraum) sein. Diese Störfelder können sich für den Patienten bemerkbar machen, oft sind sie aber „stumm“, d.h., sie verursachen selbst möglicherweise keine Schmerzen.
Mit Hilfe der Neuraltherapie ist es möglich, solche Störfelder einerseits zu erkennen und andererseits durch ihre Behandlung den gestörten Energiefluss wieder in Gang zu bringen. Die durch den Energiestau oder Energiemangel entstandenen Schmerzen oder Krankheiten können gelindert oder beseitigt werden. Daneben kann man auch am Schmerzort/ im Krankheitsbereich selbst behandeln (z.B. Injektionen an ein schmerzendes Gelenk oder das bekannte „Quaddeln“ über einem schmerzhaften Muskelstrang).
Die neuraltherapeutische Behandlung besteht in der Injektion von örtlichen Betäubungsmitteln in ganz geringer Konzentration (z.B. Procain) oder auch homöopatischer und anderer biologischer Arzneimittel. Diese Injektion kann z.B. oberflächlich oder tief in Haut- oder Schleimhautschichten erfolgen, in Blutgefäße, in die Nähe von Nervengeflechten, oder es werden Narben unterspritzt.
Bei der Erkennung bzw. Behandlung von Störfeldern kann es zu dem von Ferdinand Huneke 1925 entdeckten „Sekundenphänomen“ kommen. Er gab seiner Schwester, die unter Migräne litt, versehentlich eine Spritze mit dem Betäubungsmittel Procain – die Schmerzen verschwanden augenblicklich und dauerhaft.
Er und andere erkannten bei der Behandlung weiterer Patienten, dass dies nicht auf die betäubende Wirkung des Procains zurückzuführen sei. Der durch die Injektion gesetzte Reiz löst körpereigene regulierende Mechanismen aus, die z.B. eine Verbesserung der Durchblutung in einem schmerzenden Bereich bewirken können.
Gelegentlich sind auch Operationen oder das Ziehen eines Zahnes zur Ausschaltung eines Störfeldes nötig. Allerdings entstehen dabei Narben, die wiederum zu Störfeldern werden können.
Wenn die Neuraltherapie gewissenhaft und fachgerecht angewendet wird, gibt es keine unerwünschten Nebenwirkungen. Es kann aber auch, wie bei allen Behandlungsmethoden, die eine Reaktion des Organismus auslösen, zunächst zu einer vorübergehenden Verschlechterung des Befindens kommen, ehe die angestrebte Schmerz- oder Krankheitsauslöschung eintritt.
Mit der Neuraltherapie können fast alle akuten Schmerz- oder Entzündungszustände behandelt werden sowie chronische Erkrankungen bei dem Verdacht auf Störfelder: z.B. Beschwerden im Bereich des Bewegungsapparates, rheumatische Erkrankungen, Kopfschmerzen, vegetative Beschwerden, Bluthochdruck, urologische Erkrankungen, Frauenleiden usw. Bei Krebserkrankungen ist sie als Schmerztherapie geeignet.